鉴别冬虫夏草，除了我们常见的外形和气味等普通鉴别方法，还有一个高科技方法，这就是基因技术甄别法。经过多年野外标本采集和室内研究工作，我国科学家对冬虫夏草进行DNA测序后得到100多条相关的“分子序列”，并建立起冬虫夏草DNA数据库和分子鉴定体系，为社会提供服务，保证有关生物材料的准确鉴定。
中国科学家经过多年努力，终于在名目繁多的冬虫夏草菌种中确认中国被毛孢是无性型阶段的冬虫夏草，从而为冬虫夏草“正名”。
2000年起，从英国皇家植物园回国工作的中国科学院微生物研究所研究员姚一建，率领课题组成员多次前往青藏高原进行野外考察，走遍了高原上冬虫夏草各主要产区，采集到大量标本，收集了有关的生态学信息，分离到冬虫夏草菌种280余株，建立了国内菌种资源最丰富的冬虫夏草实验室。
经过验证和核对，中国被毛孢确是无性型，也就是货真价实的“冬虫夏草”；蝙蝠蛾被毛孢、冬虫夏草头孢、中华束丝孢等在科学上属于不合格发表的名称，不应再使用；而中国拟青霉、蝙蝠蛾被孢霉、虫生簇孢等3个菌种绝非冬虫夏草。这初步澄清了不同名称与冬虫夏草的关系，解决了冬虫夏草无性型研究中多年来存在的混乱现象，为冬虫夏草“正名”。
中国科学院微生物研究所研究员姚一建表示，“虽然早在1694年就有了‘冬虫夏草‘的说法，但我们对这种生物仍然十分缺乏了解。”例如，我们对冬虫夏草资源分布的确切地理位置、蕴藏量等都不十分明确；对冬虫夏草生存环境的气候、地形、土壤、植被以及其他相关生物等生态因子目前也缺乏较全面的了解；虽然对冬虫夏草及相关物种已做过一定调查，但其物种与遗传的多样性依然是个谜；如何通过人为措施促进蝙蝠蛾昆虫和冬虫夏草的生长和发展，实现可持续利用，更是缺乏明确的资料。
